Od 1938 r. rozpoczął się upadek salonu sióstr Flöge, a Emilie musiała przenieść swoją pracę do małego studia we własnym domu. Pod koniec II wojny światowej wielki pożar pochłonął zarówno jej projekty, prace jak i wiele innych dzieł, np. projekt plafonu auli Uniwersytetu Wiedeńskiego Gustava Klimta.
Emilie nigdy nie wyszła za mąż oraz nie założyła rodziny, co jak na owe czasy było przejawem niezależności i emancypacji.
W 2006 roku powstał film Klimt wyreżyserowany przez Raoula Ruiz'a, z Johnem Malkovichem w roli artysty i Veronicą Ferres jako Emilie Flöge.
Powiązania z Gustavem Klimtem lewo|mały|Pocałunek 1907–08, olej na płótnie, Galeria Austriacka Belvedere, Wiedeń Emilie Flöge była przyjaciółką i partnerką życiową artysty Gustava Klimta, którego brat, Ernst, został mężem jej siostry w 1891 roku. W 1902 roku powstał jej najsłynniejszy pełnopostaciowy portret, na którym modelka stoi wyprostowana, z ręką na biodrze, w ujęciu en trios quarts. Przedstawiona postać posiada cechy femme fatale, przewijające się w twórczości Klimta. Uwagę przykuwa również suknia modelki, która jest połączeniem projektów Emilie oraz maniery malarskiej Klimta. mały|Emilie Flöge (1902) obraz olejny Gustava Klimta Portret wywołał skandal wśród wiedeńskiej elity, gdy w 1903 roku został pokazany na wystawie „Secesji”.