Wobec tego za Seedem zostaje wysłany federalny nakaz aresztowania.
Właściwa rozgrywka Gracz, jako świeżo upieczony zastępca szeryfa w Hope County wraz z szeryfem Whitehorse’em oraz kilkoma innymi policjantami dostaje rozkaz osłaniania szeryfa federalnego mającego aresztować Josepha Seeda. Akcja się nie powodzi – przywódca religijny nie stawiał oporu, jednak jego wierni zaatakowali stróżów prawa i odbili swojego proroka. Ojciec ogłasza, że to Bóg ochronił go przed aresztowaniem, co daje mu pretekst do ogłoszenia „kośby”, czyli masowej akcji skierowanej przeciw „niewiernym”. Wszyscy policjanci zostają zabrani przez kultystów i wysłani w różne rejony hrabstwa zarządzane przez członków rodziny Seedów, a ponadto działania sekty doprowadzają do odcięcia Hope County od świata. Gracz (zwany przez postacie „Zastępcą” lub „Świeżym”) zostaje natomiast uratowany przez lokalnego mieszkańca, Dutcha. Od tego czasu postanawia on zwalczać Projekt i wspomóc organizację ruchu oporu. Dzięki jego działalności każdy rejon hrabstwa zostaje wyzwolony, przyjaciele Zastępcy zostają uratowani, a John, Jacob i Faith umierają. Wobec swojej porażki Joseph wzywa gracza do miejsca „w którym wszystko się zaczęło”, czyli do głównego kościoła Projektu u Bram Edenu.