Gracz może angażować się w zadania i misje poboczne oraz dowiadywać się więcej o Paititi, gromadząc większe doświadczenie.
W grze wprowadzony został nowy system handlu wymiennego, pozwalającego wymieniać w mieście znalezione zasoby i bronie. Wprowadzone zostały liczne usprawnienia do rozgrywki, której trzon pozostał jednak niezmienny. Znacząco usprawniono system pływania, pozwalający teraz Larze dłużej wstrzymywać powietrze pod wodą dzięki wprowadzeniu systemu kieszeni powietrznych. Postać może również spuścić się po klifie dzięki linie. Większy nacisk położono na skradanie się – możliwe jest uniknięcie walki, jeżeli Lara zniknie z pola widzenia przeciwnika. Podobnie jak w dwóch poprzednich odsłonach, możliwe jest polowanie na zwierzęta, tworzenie materiałów ze zgromadzonych surowców, rozwiązywanie zagadek środowiskowych i eksplorowanie grobowców, pojawiając się w Shadow of the Tomb Raider częściej niż w dwóch poprzednich częściach. Możliwe jest ustalenie poziomu trudności eksploracji, łamigłówek i walki. W „trybie immersji” możliwe jest słuchanie toczonych w tle rozmów postaci niezależnych w ich rodzimym języku, podczas gdy po jego wyłączeniu są one odtwarzane w domyślnie ustawionym przez gracza języku.