Pierwsza flota maltańska zbudowana została za rządów rycerzy św. Jana. Była to potężna flota wojenna, z okrętami takimi jak „Santa Anna”. Zakon, kiedy stacjonował na Malcie, brał udział w różnych morskich wyprawach przeciwko Imperium Osmańskiemu, najgłośniejsze z nich to bitwa pod Lepanto w roku 1571 oraz bitwa w Cieśninie Dardanelskiej w roku 1656. W wieku XVII i początkiem XVIII maltańskie statki brały również udział w korsarskich wyprawach przeciwko statkom muzułmańskim. W końcu korsarstwo upadło, i Zakon stał się słabszy i biedniejszy, więc nic dziwnego, że w roku 1798 Napoleon wylądował na Malcie przy jedynie niewielkim oporze rycerzy. Flota Zakonu, w tym okręty liniowe „San Zaccharia” oraz „San Giovanni”, została włączona do floty francuskiej, i Malta nie miała już swoich własnych sił morskich.
Rządy Brytyjczyków Wkrótce po zajęciu wyspy przez Brytyjczyków, Flota Śródziemnomorska Royal Navy przeniosła swą bazę na Maltę. Malta, ze względu na jej porty i strategiczne położenie, stała się centrum działalności Royal Navy w tym rejonie, i pozostała nim do lat 60. XX wieku. Z tej racji o Maltę toczyły się ciężkie walki powietrzno-morskie podczas II wojny światowej. Flota Śródziemnomorska została rozwiązana w roku 1967.