Po utworzeniu Austro-Węgier cesarz Franciszek Józef I zadecydował o utworzeniu nowej uczelni węgierskojęzycznej. Węgierski Uniwersytet Królewski w Klużu został utworzony 12 października 1872. W jego skład wchodziły: Wydział Prawa i Nauk Politycznych Wydział Medycyny Wydział Filozofii, Literatury i Historii Wydział Matematyki i Nauk Przyrodniczych.
Rektorem uczelni został ekonomista Áron Berde. Wśród wykładowców byli także Lipót Fejér, Alfréd Haar, Frigyes Riesz i Sámuel Brassai. W 1881 cesarz zatwierdził dokumenty nadające uczelni jego imię i uczelnia funkcjonowała jako Uniwersytet Franciszka Józefa.
W 1919, po zakończeniu I wojny światowej, Siedmiogród został przyłączony do Rumunii. 1 października 1919 król Rumunii Ferdynand I podpisał dekret o przekształceniu Królewskiego Węgierskiego Uniwersytetu Franciszka Józefa w uniwersytet rumuński. Węgierska kadra uczelni przeniosła się do Budapesztu, gdzie Uniwersytet Franciszka Józefa działał przez dwa lata, po czym został przeniesiony do Segedynu (gdzie obecnie funkcjonuje jako Uniwersytet Segedyński). Nowa uczelnia składała się z czterech wydziałów: Wydziału Prawa, Wydziału Medycyny, Wydziału Nauk Ścisłych oraz Wydziału Filozofii i Literatury. Pierwszym rektorem został Sextil Pușcariu.