Podczas sześcioletniego pobytu Pullicino za granicą, na Malcie zaszły duże zmiany polityczne. Rządy Zakonu św. Jana zakończone zostały w roku 1798, kiedy wyspa została najechana i zajęta przez Francuzów. Niedługo potem Maltańczycy powstali przeciwko okupantom, uzyskując pomoc brytyjską, neapolitańską i portugalską, i we wrześniu 1800 roku Malta stała się brytyjskim protektoratem. W tym samym miesiącu Pullicino powrócił z Rzymu na Maltę, i zamieszkał w Valletcie ze swoją matką. W kwietniu 1807 roku poślubił Vincenzę Attard, z którą miał siedmioro dzieci.
W rokun 1803 Pullicino został profesorem rysunku i architektury na Uniwersytecie Maltańskim. W roku 1830 uzyskał oficjalne kwalifikacje jako perito agrimensore (architekt i geodeta). W roku 1836 był przedstawicielem maltańskich architektów w petycji do Royal Commission on the Affairs of Malta (Królewska Komisja do Spraw Maltańskich). Przeszedł na emeryturę w roku 1839, przez następne trzy lata pracował jeszcze w swoim prywatnym studio. Z powodu choroby kilka ostatnich lat swojego życia spędził nie wychodząc z domu.