Ostateczną postać studia w ramach IR UJ przybrały w 1992 w wyniku wyodrębnienia Wydziału Filozoficznego UJ z dawnego Wydziału Filozoficzno-Historycznego.
Struktura organizacyjna W ramach Instytutu Religioznawstwa UJ działa 6 zakładów oraz 2 pracownie.
Poczet dyrektorów Funkcję dyrektora tego instytutu pełnili: dr hab. Jan Pawlica (1972–1980) dr hab. Jacek Majchrowski (1980–1986) dr hab. Włodzimierz Pawluczuk (1986–1993) dr hab. Halina Grzymała-Moszczyńska (1993–1996) dr Kazimierz Banek (1996–1999) prof. dr hab. Jan Drabina (1999–2005) dr hab. Łukasz Trzciński (2005–2006) prof. dr hab. Jan Drabina (2006–2008) dr hab. Kazimierz Banek (2008–2012) dr hab. Tomasz Sikora (2012–2016) dr hab. Lech Trzcionkowski (2016–2020) prof. UJ dr hab. Elżbieta Przybył-Sadowska (od 2020)
Inni pracownicy naukowo-dydaktyczni Do grona pracowników naukowo-dydaktycznych Instytutu (także dawniej zatrudnionych) należą również: Stanisław Cinal Bogumił Grott Henryk Hoffmann Tadeusz Margul Jerzy Ochmann Zbigniew Pasek Piotr Stawiński Jerzy Woźniak
Działalność naukowa Przy Instytucie wydawane są następujące czasopisma: Studia Religiologica, Nomos: Kwartalnik Religioznawczy oraz Periodyk Młodych Religioznawców „Ex Nihilo”.