Młodość thumb|Lodowisko w portlandzkim centrum handlowym Lloyd Center, gdzie w wieku 3 lat Harding rozpoczęła karierę łyżwiarską. Tonya Maxene Harding urodziła się jako córka LaVony Golden (ur. 1940) i Alberta Gordona Hardinga (1933–2009). Harding wychowywała się w dzielnicy East Portland (Oregon), a jazdę na łyżwach rozpoczęła w wieku 3 lat. Kiedy była młoda, polowała, brała udział w wyścigach równoległych i uczyła się od ojca mechaniki samochodowej. LaVona pracowała jako kelnerka i ręcznie szyła Tonyi kostiumy na zawody, ponieważ rodziny nie było stać na ich zakup.
Według Harding była ona regularnie maltretowana przez matkę; w wieku 6/7 lat zaczęła być wykorzystywana psychicznie i fizycznie. LaVona przyznała się do jednorazowego uderzenia Tonyi, co miało miejsce na lodowisku. Harding, będąc uczennicą 2. klasy Milwaukie High School, porzuciła tę szkołę, by skupić się na łyżwiarstwie; w późniejszym czasie zdobyła General Equivalency Diploma.