Giovan Battista Poggi założył swoją siedzibę w obecnym kościele, który wkrótce stał się ośrodkiem duchowości i kultury, na wzór augustiańskiego klasztoru Santo Spirito we Florencji, kolebce włoskiego renesansu. W dekoracji kościoła uczestniczyli artyści z Florencji, w tym Perino del Vaga. Ówczesny kościół Matki Bożej Pocieszenia położony był na terenie zwanym Artoria, na zewnątrz i w pobliżu nowych murów miejskich, którą to lokalizację uznano za zbyt niebezpieczną na wypadek ataku wroga (co miało miejsce w 1632 roku). W związku z tym w grudniu 1681 roku kościół został rozebrany, a augustianie znaleźli w roku następnym tymczasową siedzibę w pałacu Francesca Pinellego, położonym na przedmieściu San Vincenzo. W latach 1683–1684 udało im się kupić cały pałac, a także willę i otaczający ją ogród, posiadłość dostojnika kościelnego Giulia Vincenza Gentile.
Obecny kościół mały|Drzwi w portalu głównym W 1684 roku Giulio Vincenzo Gentile położył kamień węgielny pod budowę nowego kościoła (do tej pory augustianie odprawiali swoje nabożeństwa w pobliskiej parafii San Vincenzo). Architekt, który zbudował kościół jest nieznany, mógł to być Piero Antonio Corradi. Kościół został oddany do użytku w 1693 roku.