18 października 2017 premier Saksonii Stanislaw Tillich ogłosił swoją rezygnację, motywując ją zwycięstwem AfD w wyborach do Bundestagu w tym kraju związkowym. Zasugerował jednocześnie kandydaturę byłego posła na swojego następcę. Michael Kretschmer 9 grudnia 2017 zastąpił go na funkcji przewodniczącego saksońskiej CDU, a cztery dni później objął również urząd premiera w ramach koalicji z Socjaldemokratyczną Partią Niemiec.
W wyborach krajowych w 2019 uzyskał mandat posła do saksońskiego landtagu. 20 grudnia 2019 został ponownie premierem Saksonii, stając na czele koalicji CDU, Zielonych i SPD. W 2022 objął funkcję wiceprzewodniczącego federalnych struktur swojej partii. W wyborach do landtagu w 2024 ponownie uzyskał mandat deputowanego. 18 grudnia tego samego roku po raz trzeci został wybrany na stanowisko premiera Saksonii, stając na czele mniejszościowego rządu w ramach koalicji CDU z SPD.
Odznaczenia Złota Odznaka Honorowa Zasłużony dla Województwa Dolnośląskiego (2020)
Życie prywatne Od 2020 żonaty z Annett Hofmann, dziennikarką i urzędniczką