Po obronie wyjechał do Berlina – praca naukowa, przy tej okazji zwiedził także południe Niemiec i nadreńskie prowincje. Po powrocie do kraju osiedlił się w Suwałkach, gdzie znalazł zatrudnienie jako podpisarz, a następnie pisarz w Sądzie Pokoju Okręgu Dąbrowskiego. Pracował także jako asesor w Trybunale Cywilnym Guberni Augustowskiej. Był również nauczycielem prawa w suwalskim Gimnazjum Męskim im. Karola Brzostowskiego. Wiele zastrzeżeń ówczesnych władz zaborczych budziła jego działalność patriotyczna. Wierzchlejski - jak pisał A. Matusiewicz - był głównym bohaterem głośnej w całym kraju manifestacji patriotycznej 11 czerwca 1861 r.Biografie suwalskie. Cz. 1, red. M. Pawłowska, Suwałki 1993, s. 86., a w wyniku represji, które miały miejsce po wspomnianej manifestacji - na rozkaz generał-lejtnanta Leonida Płatonowicza Rudanowskiego (gubernatora suwalskiego), został aresztowany i administracyjnie przeniesiony do Petersburga (w jego sprawie interweniował m.in. Aleksander Wielopolski)Zob. tekst: A. Matusiewicz, Manifestacje patriotyczne w Suwałkach w 1861 roku, „Rocznik Augustowsko-Suwalski” 2002, t. 2, s. 32-46.. Z tego zesłania wrócił do kraju we wrześniu 1861 r. Przebywając w Suwałkach podlegał ciągłemu, ścisłemu dozorowi policyjnemu. Po wyjeździe z Suwałk, osiedlił się (w marcu 1862 r.) w Warszawie. Jak podaje A.