W atmosferze świata matematyki Stefan Wrona w 1963 roku ukończył 48 Liceum Ogólnokształcące w Warszawie. Później studiował na Wydziale Architektury Politechniki Warszawskiej. W 1969 roku obronił pracę magisterską poświęconą projektowaniu zakładów przemysłowych z innowacyjnym zastosowaniem metod optymalizacji cyfrowej pod kierunkiem prof. Jerzego Hryniewieckiego. Praca została wyróżniona w ramach dorocznej Nagrody Stowarzyszenia Architektów Polskich im. Architektów S. Skrypija i S. Nowickiego za najlepsze dyplomy w roku 1969.
W 1970 roku podjął pracę w Katedrze Projektowania Zespołów Przemysłowych kierowanej przez prof. Jerzego Hryniewieckiego. Osobowość i wiedza prof. Jerzego Hryniewieckiego wywarły zasadniczy wpływ na dalszy rozwój naukowy i zawodowy Stefana Wrony. W roku 1972 uzyskał stopień doktora na podstawie rozprawy pt. Wpływ systematycznych metod projektowania na kształtowanie systemów architektonicznych (na przykładzie zespołów przemysłowych). W roku 1982 uzyskał stopień naukowy doktora habilitowanego nauk technicznych w zakresie teorii architektury i urbanistyki, na podstawie pracy pt. Metody uczestnictwa w projektowaniu w architekturze i urbanistyce.
W roku 1994 otrzymał tytuł naukowy profesora.