Od 1989 do 2001 przez cztery kadencje sprawował mandat posła na Sejm. W X i I kadencji przewodniczył sejmowej Komisji Sprawiedliwości, w II kadencji przewodniczył Komisji Sprawiedliwości i Praw Człowieka, w III kadencji był wiceprzewodniczącym tej komisji. W wyborach w 2001 bez powodzenia ubiegał się o reelekcję. Od 1992 do 1997 reprezentował Sejm w Krajowej Radzie Sądownictwa. W 1992 jego nazwisko znalazło się na tzw. liście Macierewicza (jako zarejestrowany tajny współpracownik służb specjalnych PRL). Jego proces lustracyjny rozpoczął się w 1999, Aleksander Bentkowski po kilkuletnim postępowaniu został oczyszczony z zarzutu kłamstwa lustracyjnego.

W latach 2002–2003 był prezesem Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa. W wyborach w 2004 bez powodzenia kandydował do Parlamentu Europejskiego i w wyborach uzupełniających do Senatu. W wyborach w 2005 został wybrany na senatora VI kadencji z okręgu rzeszowskiego. Zasiadał w Komisji Praw Człowieka i Praworządności oraz Komisji Ustawodawczej. W 2007 nie ubiegał się o reelekcję.

W latach 2006–2023 pełnił funkcję prezesa klubu piłkarskiego Resovia;