Kariera trenerska Początki kariery trenerskiej W 2002 roku rozpoczął swoją przygodę szkoleniową. Kiedy został szkoleniowcem, prowadził kolejno: DFB-Stützpunkt (2002–2004), rezerwy klubu 1. FC Kaiserslautern (2006) (w latach 2004-06 był również asystentem trenera rezerw tego klubu), drużynę U19 zespołu SV Wehen Wiesbaden (2006–2007), a później także rezerwy seniorów tego klubu (2007–2008).
Następnie, w 2008 został asystentem trenera klubu VfR Aalen, gdzie pomagał Jürgenowi Kohlerowi i Petrikowi Sanderowi. Kiedy w klubie zwolniono Kohlera, Runjaić zadebiutował na ławce trenerskiej I zespołu i poprowadził Aalen w jednym spotkaniu. W 2009, po doświadczeniu zebranym z zespołem grającym w 3. Lidze zdecydował się pracować samodzielnie. W czasie zbierania szlifów pod przyszłą, samodzielną karierę trenera, Runjaić podglądał, m.in. treningi prowadzone przez Jürgena Kloppa, kiedy ten był szkoleniowcem 1. FSV Mainz 05.