W czasie 13 lat pobytu w Gdyni odprawiał msze i nabożeństwa w prowizorycznej kaplicy, a w tym czasie zbudował nową kaplicę i klasztor klasztoru Ojców Redemptorystów. W 1964 roku został mianowany proboszczem nowej parafii pw. Matki Bożej Nieustającej Pomocy i św. Piotra Rybaka w Gdyni. W późniejszym czasie pełnił funkcję rektora w Bardzie Śląskim, Zamościu i Toruniu. Przyczynił się do koronacji papieskimi koronami cudownej figury Matki Boskiej Bardzkiej w bazylice Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny. W Toruniu brał udział w organizowaniu festiwalu religijnej pieśni młodzieżowej Sacrosong. Do Gdyni powrócił w 1978 roku, by dalej prowadzić Duszpasterstwo Morskie w parafii MB NP i św. Piotra do roku 1995, pełnił funkcję socjusza nowicjatu.
W 1995 roku był organizatorem I Europejskiej Konferencji Apostolatus Maris w Gdyni, pełnił funkcję Diecezjalnego i Krajowego Duszpasterza Ludzi Morza, jako krajowy Duszpasterz Ludzi Morza uczestniczył w różnych komitetach i stowarzyszeniach podlegających AOS. Józef Krok odbywał także podróże służbowe morskie pełniąc funkcję kapelana na polskich statkach: TSS Stefan Batory, Siarkopol, MS Inowrocław, uczestniczył w kilkunastu konferencjach i kongresach zagranicznych Apostolatus Maris (AOS)Na świecie jest 8 regionalnych centrów AOS (ang.