Struktura mały|Siedziba Państwowej Służby Granicznej w Kijowie Centralnym organem Służby, który z ramienia Ministra Spraw Wewnętrznych koordynuje działalnością formacji i zapewnia wykonywanie jej zadań jest Administracja Państwowej Służby Granicznej Ukrainy. Działa ona w oparciu o prawodawstwo Ukrainy. Struktura Administracji prezentuje się następująco: Kierownictwo i Podrozdział Bezpośredniego Podporządkowania Szefowi Służby – odpowiedzialne m.in. za zapewnienie bezpieczeństwa wewnątrz Służby oraz za audyt wewnętrzny, informacja publiczna, Departament Działań Organizacyjno-Administracyjnych i Zabezpieczenia Analitycznego – działalność organizacyjno-administracyjna, zabezpieczenie dokumentacji i obiegu dokumentów, planowanie strategiczne i analiza ryzyka, działalność analityczno-informacyjna, Departament Ochrony Granicy Państwowej – uprawnienia operacyjne, kontrola graniczna (w tym granicy morskiej i powietrznej), Departament Prawa Międzynarodowego – współpraca międzynarodowa i integracja europejska, zabezpieczenia prawne, sprawy związane z cudzoziemcami, Departament Działań Operacyjnych – działalność operacyjna (z wykorzystaniem uprawnień dochodzeniowo-śledczych), walka z przestępczością zorganizowaną i terroryzmem, Departament Zasobów Ludzkich – działalność związana z mobilizacją na potrzeby Służby, rekrutacja,