Projekt budowy zapory w Siarzewie oprotestowało 6 organizacji ekologicznych, powołując się m.in. na zagrożenie, które inwestycja ta może spowodować dla obszaru Natura 2000 Włocławska Dolina Wisły. Pomimo to Ministerstwo Środowiska poparło realizację nowego stopnia wodnego, a wiceminister środowiska Mariusz Gajda działanie organizacji ekologicznych nazwał „blokowaniem rozwoju gospodarczego”. Według szacunków Energi koszt zapowiadanej od 2009 roku inwestycji wyniesie 3,5 miliarda złotych, zdaniem wiceministra może być co najmniej o miliard mniejszy – oszczędności mogą polegać np. na rezygnacji z przeprawy drogowej na budowli jako komponentu trasy S10 i (lub?) wyborze nowych technologii budowy. W 2017 roku koszty szacowano na 2,2 miliarda złotych, w 2021 roku ogłoszono, że maksymalny koszt inwestycji obliczono na 4,5 miliarda złotych.