W 1918 wrócił do kraju, w 1919 jeździł dwukrotnie do Włoch po Polaków, którzy jako żołnierze austriaccy dostali się do niewoli włoskiej. W latach 1919–1921 pełnił w stopniu majora obowiązki kapelana Korpusu Kadetów w Krakowie, po czym przeszedł do rezerwy. W 1919 rozpoczął na Wydziale Teologicznym UJ wykłady z historii sztuki, które do 1930 prowadził jako zastępca profesora na nieobsadzonej katedrze historii sztuki kościelnej i liturgiki a następnie gdy w 1931 Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego odmówiło zatwierdzenia go nadal na tym stanowisku, miał do 1939 wykłady zlecone. Uniwersytet Warszawski powierzył mu od 1920 zastępczo prowadzenie wykładów z archeologii i sztuki kościelnej z obowiązkiem habilitowania się w ciągu roku. W 1925 odbyła się habilitacja Kruszyńskiego na Wydziale Architektury Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie (zatwierdzona 19 lutego 1926). Powtórnie habilitował się w 1929 na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Lwowskiego jako docent historii sztuki kościelnej i liturgiki zabytkowej. W 1930 Rada Wydziału Teologicznego UJ przedstawiła go do nominacji na profesora nadzwyczajnego.