Na czele tego oddziału walczył w kampanii wrześniowej 1939 roku. 19 września 1939 roku został ciężko ranny w czasie bitwy nad Bzurą. Miał przestrzelone płuco, wątrobę i staw łokciowy. Do marca 1940 roku przebywał na leczeniu w Szpitalu Ujazdowskim w Warszawie. Po wyjściu ze szpitala zamieszkał razem z rodziną w mieszkaniu brata Michała. 16 lipca tego roku został zatrzymany i osadzony na Pawiaku. 2 stycznia 1941 roku został wysłany do obozu koncentracyjnego Auschwitz. W obozie został członkiem Związku Organizacji Wojskowej. 25 stycznia 1943 roku został rozstrzelany wraz z innymi członkami obozowego ruchu oporu. Jego grób symboliczny znajduje się na cmentarzu bródnowskim w Warszawie (kw. 12B-6-26).
Karol Kumuniecki w 1920 roku ożenił się z Kazimierą, córką Piotra Żebrowskiego, administratora klucza majątków Sanniki-Konstantynów, i Aleksandry ze Śmiechowskich. Z tego związku 19 grudnia 1927 roku urodziła się Hanna Kumuniecka-Chełmińska ps. „Maryla”, „Hanka”, sanitariuszka Pułku AK Baszta, uczestniczka powstania warszawskiego.