W czasie II wojny światowej w roku 1941 faszystowskie ugrupowanie ustaszy na czele z Ante Paveliciem przejęło władzę, ogłosiło niepodległość i powstało Niepodległe Państwo Chorwackie (NDH). Terytorium Chorwacji sprzymierzonej wówczas z Niemcami obejmowało Chorwację właściwą (choć nie całą, część terytorium przyłączono do Włoch) oraz tereny dzisiejszej Bośni i Hercegowiny. W latach 1941–1944 prowadzone mistrzostwa NDH.
W 1945 po utworzeniu Socjalistycznej Federacyjnej Republiki Jugosławii Bośnia i Hercegowina została włączona do jej składu i kontynuowano rozgrywki o mistrzostwo Jugosławii w najwyższej lidze, zwanej Prva savezna liga. W 1946 roku rozgrywano kwalifikacje w Bośni i Hercegowinie oraz innych republikach dla uczestnictwa w przyszłych mistrzostwach Jugosławii. Najlepszymi klubami Bośni i Hercegowiny w tym czasie były: FK Sarajevo (mistrz 1966/67, 1984/85), FK Željezničar (mistrz 1971/72), FK Velež Mostar, FK Sloboda Tuzla, NK Čelik Zenica i FK Borac Banja Luka, które grały w pierwszej lidze Jugosławii, II lidze oraz w rozgrywkach Pucharu Jugosławii.
Po upadku SFR Jugosławii w 1991 roku proklamowano niepodległość Bośni i Hercegowiny;