Do 1999 istniały 3 ligi: Bośniaków, Chorwatów bośniackich i Serbów bośniackich, w których wyłoniono swoich mistrzów. W sezonie 1999/2000 mistrzem Bośni i Hercegowiny zostawał zwycięzca play-offów rozgrywanych wśród najlepszych drużyn z lig bośniackiej i Chorwatów bośniackich. W następnym sezonie 2000/01 obie te ligi połączyły się w Premijer ligi Bośni i Hercegowiny' i zwycięzca tych rozgrywek zdobywał mistrzostwo Bośni i Hercegowiny. Prva liga Herceg-Bośni została zlikwidowana. Do 2002 roku Republika Serbska bojkotowała Związek Piłkarski Bośni i Hercegowiny, ale nie była uznawana przez UEFA. W 2002 roku doszło do porozumienia pomiędzy Związkiem Piłkarskim Republiki Serbskiej a Związkiem Piłkarskim Bośni i Hercegowiny.
System rozgrywek Rozgrywki składały się z 26 kolejek spotkań rozgrywanych pomiędzy drużynami systemem kołowym. Każda para drużyn rozgrywa ze sobą dwa mecze – jeden w roli gospodarza, drugi jako goście. W przeszłości liczba ta wynosiła od 16 do 42. Drużyna zwycięska za wygrany mecz otrzymuje 3 punkty, 1 za remis oraz 0 za porażkę.
Zajęcie pierwszego miejsca po ostatniej kolejce spotkań oznacza zdobycie tytułu Mistrzów Herceg-Bośni.