Po szwedzkiej klęsce w bitwie pod Nördlingen Ernest przystąpił do pokoju praskiego i powrócił do rodzinnych włości.
Powiększył wspólne księstwo po wygaśnięciu lokalnej linii Wettynów panującej w księstwie Saksonii-Coburg-Eisenach. W 1640 po podziale ojcowizny został samodzielnym władcą księstwa Saksonii-Gothy. Stopniowo poszerzał zasięg swojej władzy: w 1644/1645 odziedziczył część Saksonii-Eisenach, w 1660 część hrabstwa Hennebergu, a w 1672 większość Saksonii-Altenburg z Coburgiem. Scalił w ten sposób pod swym berłem dużą część ziem ernestyńskiej linii Wettinów.
Podczas swych rządów dążył do odbudowy księstwa z poważnych zniszczeń spowodowanych przez działania wojenne w okresie wojny trzydziestoletniej. Głęboko wierzący i zaangażowany w zaprowadzenie porządku w swojej dziedzinie, zreformował Kościół i system edukacji oraz zorganizował własne wydanie Biblii. Wspierał luteran także poza granicami, m.in. finansując budowę kościoła w Moskwie, a nawet próbował zorganizować misję w Etiopii. Wprowadzał zarządzenia regulujące w duchu religijnym nawet prywatne życie swych poddanych. Zreformował administrację i zreorganizował sądownictwo. Dużą uwagę zwracał na gospodarkę, m.in. wprowadził nowe regulacje dotyczące lasów i podjął nieudane próby zapewnienia żeglowności rzek księstwa.