Podczas II wojny światowej zastępował Paula Bonera z Wydziału Fizyki UT, prowadząc zajęcia dydaktyczne w ramach podstawowego kursu fizyki. Starał się też o miejsce w zespołach, prowadzących na terenie kampusu badania dla wojska. W War Research Lab pomagał w opracowywaniu i testowaniu nowego celownika dla bombowców B-36, uczestniczył też w badaniach wykonywanych w Laboratorium Fizyki Wojskowej.

W końcu 1947 roku został zaproszony do California Institute of Technology Pasadena), w związku z otrzymaniem przez Caltech dotacji od Fundacji Hixsona. Pauling – członek Komitetu Funduszu Hixona – zwrócił się do Jeffressa o pomoc w organizacji w Pasadenie międzynarodowego sympozjum na temat mechanizmów działania mózgu człowieka i ludzkich zachowań. Zaoferował mu na rok stanowisko „Hixon Visiting Professor” (spotkało się to z aprobatą komisji). Lloyd Jeffress mieszkał w Pasadenie w domu Paulingów (przebywających wówczas w Oksfordzie). Na sympozjum, zorganizowanym w Caltech we wrześniu 1948 roku, spotkało się wielu wybitnych naukowców, specjalistów w różnych dziedzinach, zajmujących różne stanowiska wobec nowych koncepcji naukowych, dotyczących pracy mózgu (cybernetyka, sieci neuronowe itp.).