Objął dowodzenie nad utworzonym przez siebie oddziałem partyzanckim LSB „Sablik”. Pierwszymi akcjami bojowymi i dywersyjnymi oddziału dowodził Alojzy Wiatr ps „Wasyl”. Latem 1943 roku dowodzenie przekazał swojemu zastępcy Kazimierzowi Wątróbskiemu ps. „Sęp” a sam otrzymał funkcję inspektora w Inspektoracie Nowy Sącz BCh. W styczniu 1944 ukazało się konspiracyjne pismo ruchu ludowego „Zarzewie”, redaktorem pierwszych numerów był Alojzy WiatrWłodzimierz Wnuk,„Walka podziemia na szczytach” Instytut Wydawniczy PAX, Warszawa 1965, s. 249. 8 lutego 1944 roku wracając z inspekcji na terenie Jasła i Krosna, w pociągu jadącym do Stróż został rozpoznany przez niemieckiego policjanta kolejowego Bahnschutz i został aresztowany. Był przesłuchiwany przez Gestapo w Gorlicach następnie przewieziony do Jasła. Planowano akcję uwolnienia „Zawieruchy” w czasie transportu z Gorlic do Jasła przy udziale wywiadu AK i partyzantów BCh i AK. Obstawiono stację kolejową w Zagórzanach i skrzyżowanie drogi z Gorlic w kierunku Jasła, jednak akcji nie przeprowadzono gdyż Gestapo w nocy natychmiast przewiozło jeńca do Jasła. Ponownie był torturowany podczas przesłuchania w Jaśle, Alojzy zmarł 17 lutego 1944 roku w celi, został pochowany przez Gestapo na cmentarzu żydowskim w Jaśle.