Między innymi w tym celu Niemieckie Centrum PEN prowadzi dwa programy centralne: Writers in Prison („Pisarze w więzieniu”, od 2012 roku prowadzone przed wicedyrektora Saschę Feucherta) oraz Writers in Exile („Pisarze na wygnaniu”, prowadzone od 2013 przez wicedyrektor Franziskę Sperr), oba w ścisłym porozumieniu z Międzynarodowym PEN i klubami krajów, z których pochodzą prześladowani ludzie pióra.
Głównymi metodami programu Writers in Prison („Pisarze w więzieniu”), stosowanymi w celu uwalniania politycznie prześladowanych pisarzy są kampanie listowe i bezpośrednie przemowy do wpływowych osób. Program Writers in Exile („Pisarze na wygnaniu”) przyjmuje prześladowanych pisarzy i daje im szansę na to, aby mogli żyć bezpiecznie i dalej pracować jako pisarze. Ta działalność Centrum wspierana jest przez Ministerstwo Spraw Zagranicznych Republiki Federalnej Niemiec. Programem zainteresowane są ponadto miasta Norymberga i Monachium, które zapewniają mieszkania prześladowanym.
Od 1985 roku Niemieckie Centrum PEN przyznaje Medal Hermanna Kestena dla szczególnie zasłużonych autorów, w myśl idei Międzynarodowego PEN, przy czym sam PEN uważa się za „Głos prześladowanych i tłumionych autorów”.