Budowa thumb|left|Porównanie wielkości istiodaktyla i człowieka rozumnego Istiodactylus był dużym pterozaurem. Rozpiętość jego skrzydeł szacuje się na między 4,3 a 5 m. Czyni go to największym członkiem jego rodziny Istiodactylidae. Pewne izolowane fragmenty kości skrzydeł pterozaurów mogące należeć do tego rodzaju sugerują rozpiętość skrzydeł 8 m. Najbardziej kompletna czaszka szacowana jest na 45 cm długości, w oparciu o długość wcześniej nieznanych fragmentów szczęk, opisanych w 2012. Przedtem oceniano ją na 56 cm. Przy 28,5 cm długości szczęka i żuchwa stanowiły poniżej 80% całkowitej długości czaszki, krótkiej jak na pterodaktyla. Jako pterozaur Istiodactylus pokryty był włosowatymi wyrostkami pycnofibres i miał szerokie błony skrzydeł, rozpostarte na długim palcu.