Po upadku wyprawy Dwernickiego, powrócił do stolicy, gdzie kontynuował działalność w Towarzystwie Patriotycznym. Namawiał bezskutecznie marszałka Sejmu Władysława Tomasza Ostrowskiego, do wstąpienia w struktury Towarzystwa. W sporach wewnątrz organizacji, ks. Pułaski stał na stanowisku potrzeby radykalizacji programu politycznego, jak i metod jego realizacji; w aktach terroru wobec władz upatrywał szansy ocalenia powstania. Dążył ponadto do wciągnięcia gubernatora Warszawy, gen. Jana Krukowieckiego do rozgrywek z wodzem naczelnym, gen. Janem Skrzyneckim. Postulaty Pułaskiego były jednak skutecznie torpedowane przez prezesa Towarzystwa – Joachima Lelewela. Na łamach Nowej Polski opublikował Wspomnienia z korpusu Dwernickiego; działał także jako wiceprezes Towarzystwa Wychowania Dzieci po Poległych Rycerzach.
Według części historyków, Pułaski – na wieść o niepowodzeniach militarnych w wojnie z Rosją – domagał się wraz z innymi działaczami lewicowego skrzydła Towarzystwa Patriotycznego obalenia siłą Rządu Narodowego i ustanowienia w jego miejsce „ludowego rządu rewolucyjnego”. Tezie tej zaprzecza jednak historyk Władysław Zajewski, według którego Pułaski jedynie „wyraźnie sugerował” prezesowi rządu, A.J.