W 2010 został radnym sejmiku lubuskiego, a także jego przewodniczącym, którym był przez całą czteroletnią kadencję. W 2014 odnowił mandat radnego sejmiku.
Zasiadał w radzie krajowej oraz w zarządzie regionu lubuskiego PO (przez pewien czas jako jego sekretarz). 20 lipca 2016 został wykluczony z partii wraz z posłami Stanisławem Huskowskim, Michałem Kamińskim i Jackiem Protasiewiczem, którzy w tym samym roku powołali stowarzyszenie Europejscy Demokraci oraz współtworzyli partię Unia Europejskich Demokratów. Tomasz Możejko także był początkowo związany z tymi formacjamiŚwiadczy o tym aktywność Tomasza Możejki na portalach społecznościowych., jednak 26 czerwca 2017 przystąpił do stowarzyszenia Kukiz’15, zostając jedynym radnym wojewódzkim tego ugrupowania. W 2018 z ramienia lokalnego komitetu powrócił do rady powiatu świebodzińskiegoSerwis PKW – Wybory 2018. W kwietniu 2022 założone przez niego w międzyczasie Lubuskie Forum Samorządowe przystąpiło do Ogólnopolskiej Federacji Bezpartyjnych i Samorządowców. W tym samym roku założył także stowarzyszenie Forum Bezpartyjnych Samorządowów, zostając jego prezesem. W latach 2023–2024 zasiadał w zarządzie partii Bezpartyjni. W 2024, ponownie startując z lokalnego komitetu, nie uzyskał reelekcji do rady powiatuSerwis PKW – Wybory 2024.