W czasie kampanii wrześniowej 1939 służył w WIG jako kierownik grupy kreślarskiej. Razem z Instytutem ewakuowany na wschód. Po agresji ZSRR na Polskę wzięty do niewoli przez Sowietów 17 września 1939 w miejscowości Hoszcza w powiecie równieńskim, osadzony w obozie przejściowym w PutywluFiguruje na liście jeńców z 24.10.1939. W listopadzie 1939 przeniesiony do obozu jenieckiego w Kozielsku. Między 3 a 5 kwietnia 1940 przekazany do dyspozycji naczelnika smoleńskiego obwodu NKWD – lista wywózkowa bez numeru, poz. 9, akta osobowe nr 2007 z 2 kwietnia 1940. Został zamordowany między 4 a 7 kwietnia 1940 przez funkcjonariuszy NKWD w lesie katyńskim i pogrzebany w bezimiennej mogile zbiorowej, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne. Zidentyfikowany podczas ekshumacji prowadzonej przez Niemców w 1943 pod numerem 2325 – dosł. określony jako Drozdowski Romolt Stefan, zapis w dzienniku ekshumacji pod datą 18 maja 1943. Przy jego zwłokach odnaleziono: kartę szczepienia oraz kalend. kieszonkowy. Ostatnie wiadomości od Romualda Drozdowskiego z Katynia rodzina otrzymała pocztą w marcu 1940. Figuruje na liście Komisji Technicznej PCK pod numerem 02325.