W połowie 2000 roku Wágner został zawodnikiem AD São Caetano (Série B), które decyzją União dos Grandes Clubes do Futebol Brasileiro i CBF wzięło udział w turnieju o mistrzostwo Brazylii za sezon 2000, zorganizowanym pod nazwą Copa João Havelange. Wywalczył on ze swoim zespołem tytuł wicemistrzowski, ulegając w dwumeczu finałowym CR Vasco da Gama (1:1 i 1:3). Przed rozpoczęciem sezonu 2001 CFB przyznała AD São Caetano prawo gry w Série A. We wrześniu 2001 roku Wágner został na 4 miesiące wypożyczony do japońskiego klubu Cerezo Osaka, gdzie zaliczył 8 spotkań na poziomie J1 League. W latach 2003–2005 grał on nieprzerwanie w najwyższej brazylijskiej klasie rozgrywkowej jako piłkarz kolejno: Guarani FC, Atlético Mineiro oraz Figueirense FC, z którego w drugiej połowie 2005 roku wypożyczono go do drugoligowego wówczas Guarani FC.