W przeciwieństwie do typowych rozwiązań „oprogramowania jako usługi”, platforma Mastodon nie jest centralnie hostowana. Każdy użytkownik jest zarejestrowany na określonym, niezależnie zarządzanym serwerze. Użytkownicy tworzą wpisy, których ustawienia prywatności mogą dotyczyć tylko wybranego wpisu. Dostępne opcje prywatności mogą być inne w zależności od strony, ale zwykle są to wpisy publiczne, wiadomości bezpośrednie, tylko dla obserwujących, lub niewidoczne na publicznej osi czasu.
Maskotką projektu jest trąbowiec, który przypomina wyglądem mamuta, często pokazywany z tabletem lub smartfonem.
Możliwości mały|Maskotka projektu Serwery Mastodona są oparte na oprogramowaniu mogącym komunikować się z wykorzystaniem standardu ActivityPub, który został zaimplementowany w wersji 1.6. Użytkownik Mastodona może więc wejść w interakcje z użytkownikami innych serwerów w Fediwersum obsługujących ActivityPub.
Od wersji 2.9.0, Mastodon domyślnie oferuje użytkownikom tryb jednej kolumny. W zaawansowanym trybie interfejs jest wzorowany na TweetDeck (aplikacji Twittera do zastosowań profesjonalnych). Użytkownicy mogą wysyłać wpisy, zwane „tootami” (a nie „tweetami”, jak w przypadku Twittera) o maksymalnej długości 500 znaków. Chociaż liczne serwery zwiększyły ten limit.