.. Przeniósł się do Krakowa, gdzie spędził resztę życia. Zmarł 2 lipca 1907 roku i został pochowany na cmentarzu Rakowickim.
Życie prywatne mały|Reprodukcja obrazu Jana Matejki Wacław Wilczek broniący kościoła w Trzebowie, do którego również pozował Edmund Edmund Matejko ożenił się z Klarą z domu Witaszewską. Miał z nią dwóch synów..
W pamięci Jana Matejki z czasów dzieciństwa Edmund zapisał się jako opiekuńczy i pomocny brat., który wedle przekazu Mariana Gorzkowskiego, sekretarza malarza, wespół z najstarszym z rodzeństwa, Franciszkiem, uczył go czytać.. Wiadomo, że po zabraniu młodszego brata ze Szkoły św. Barbary (gdzie ten zupełnie sobie nie radził), przygotował go z powodzeniem do egzaminu wstępnego w Liceum św. Anny latem 1848 roku; ; .. Listy z emigracji, w których opisywał Paryż i galerie sztuki, wedle relacji Izydora Jabłońskiego, wzbudziły później w młodym malarzu chęć odwiedzenia tego miasta.. Wiosna 1864 roku, kiedy starszy brat był uwięziony na Wawelu, Jan podjął starania, by zapewnić mu lepsze warunki, co zakończyło się pomyślnie..