Oryginalny budynek nie zachował się, ponieważ został całkowicie zniszczony przez katastrofalny pożar, który 10 stycznia 1514 roku spustoszył rejon Rialto. W następstwie tego wydarzenia odbudowa kościoła została zlecona Antoniowi Abbondiemu, który pracował również nad odbudową całego kwartału rynkowego. Kościół został odbudowany w latach 1527–1529. Jego sylwetka, przesłonięta ciągiem jednolitych, przylegających do siebie budynków mieszkalnych, stała się niemal niewidoczna od zewnątrz. Ten etap prac dobiegł końca w 1531 roku. Rządy w Wenecji sprawował wówczas doża Andrea Gritti. On to zamówił u Il Pordenone namalowanie fresków na kopule kościoła. W 1572 roku kościół został konsekrowany przez biskupa Dalmacji, Daniele Vocazia. Na początku lat 80. XX wieku kościół został zamknięty. Później go odrestaurowano i w 2002 roku ponownie otwarto.
Historia parafii Niejasny jest czas erygowania przy kościele parafii, jednak fakt ten musiał mieć miejsce najpóźniej w XI wieku, kiedy to w mieście określone zostały struktury administracyjne, religijne i cywilne, a w oparciu o nie – granice parafii z urzędującymi proboszczami lub kolegiami kapłanów (kapitułami).