W czasie kampanii wrześniowej 1939, po agresji ZSRR na Polskę, w nieznanych okolicznościach dostał się do niewoli sowieckiej. Osadzono go w obozie jenieckim w Kozielsku. 28 kwietnia 1940 został przekazany do dyspozycji naczelnika smoleńskiego obwodu NKWD. 30 kwietnia 1940 został zamordowany przez funkcjonariuszy NKWD w lesie katyńskim i tam pogrzebany w bezimiennej mogile zbiorowej, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne. W 1943 ciało Wojciecha Blicharskiego zostało zidentyfikowane w toku ekshumacji prowadzonych przez Niemców pod numerem 187 (raport dzienny z 15 kwietnia 1943, nr 187), a przy zwłokach znaleziono: pozwolenie na broń, kopertę, fotografię z jego nazwiskiem na odwrocie, a także z napisem „pisz do mnie przez komendanta obozu Kozielsk” data 18.IV.1940 r. „8 /?/ 1940 r. moja żona z Tarnopola wysłała mi paczkę”, ks. wojskową oraz jego pismo z 18 kwietnia 1940 do komendanta Obozu w Kozielsku.