Następnie zaczął grać w drużynie uniwersyteckiej Boston College Eagles w lidze NCAA, z którym zdobył mistrzostwo sezonu zasadniczego NCAA oraz był wybierany do Drużyny Debiutantów [data dostępu: 2013-03-22] , Drużyny Amerykanów, Drużyna NCAA [data dostępu: 2014-03-20] wybieranych przez Amerykańskie Stowarzyszenie Hokejowych Trenerów (AHCA) [data dostępu: 2014-04-11] .
Dnia 30 kwietnia 2014 roku postanowił pozostać w drużynie na sezon 2014/2015, tym samym dementując plotki o opuszczeniu szkoły i podpisaniu kontraktu z Floridą PanthersMichael Matheson Returning to Boston College [data dostępu: 2014-04-30] , a dnia 8 maja 2014 roku został kapitanem na sezon 2014/2015. Po zakończeniu sezonu podpisał kontrakt z Floridą Panthers i został wysłany do klubu fifialnego w lidze AHL - San Antonio RampagePanthers agree to terms with Michael Matheson [data dostępu: 2014-04-01] .