thumb|160px|Centralna zatoka fasady kościoła Odbudowa fasady rozpoczęła się w 1647 i była wciąż nieukończona przed opuszczeniem Malty przez architekta w 1659. Fasada zawiera trzy zatoki na dolnym poziomie, z centralną powtórzoną na poziomie górnym. Ta zaś połączona jest z niższymi bocznymi przez spływy wolutowe. Na niższym poziomie uwidaczniają się imponujące doryckie pilastry, wznoszące się z parami z cokołów. Wspierająca się na nich potężna dorycka entablatura z tryglifami i metopami na fryzie oraz gierowanym gzymsem biegnie nieprzerwanie w poprzek fasady, rozdzielając oba poziomy. Prostokątne wejście, znajdujące się centralnie, otoczone jest kamienną ramą, zwieńczone zaś półkolistym frontonem, z umieszczonym na nim ozdobnym medalionem z godłem zakonu Jezuitów – chrystogramem. Na fasadzie znajdują się różne elementy dekoracyjne – okna w bocznych zatokach zwieńczone są daszkiem w kształcie greckiej litery Ω, zawierającej muszlę przegrzebka; na spływach wolutowych głowy aniołków z kwiatowymi dekoracjami; para figur na wolutach flankujących ślepe okno na górnym poziomie.
11 stycznia 1693 silne trzęsienie ziemi na Sycylii spowodowało uszkodzenie wielu budynków również na Malcie;