dotychczas osoby chcące poszerzyć swoją wiedzę musiały udawać się na Sycylię. Wraz ze swym przybyciem na Maltę Jezuici stali się na wyspie pionierami w zakresie edukacji. Kamień węgielny pod budowę kompleksu kolegium i kościoła położony został 4 września 1595 przez wielkiego mistrza zakonu joannitów Martina Garzesa. Cała budowa ukończona została w 1602. Kolegium zaczęło być znane jako Collegium Melitense. Jezuici zainicjowali wyższe studia z zakresu filozofii i teologii, kontynuując prace na tym polu aż do usunięcia ich z wyspy w 1768 r. przez wielkiego mistrza Emanuela Pinto. Od tego momentu kolegium stało się Uniwersytetem Maltańskim.
Architektura Oryginalny kościół Projektantem oryginalnego kościoła był włoski architekt (1542–1596), wówczas oficjalny architekt zakonu Jezuitów. Miejsce pod jego budowę podarował kościół katedralny. Plany świątyni powstały w 1593. Kościół, którego budowę ukończono w 1609, był pierwszym na Malcie kościołem zbudowanym na planie krzyża łacińskiego, i był uważany za najładniejszy kościół Jezuitów w prowincji sycylijskiej, do której należała Malta. Był budowlą z czterownękową nawą główną, oflankowaną symetrycznie przez siedem bocznych kaplic oraz pasażem łączącym nawę z bocznym wyjściem na Triq L-Arċisqof. Prezbiterium z ołtarzem głównym zostało wkomponowane w ogólną strukturę kompleksu.