Po pierwszych próbach w locie w maju 1909 r. zdjęto stery kierunku. Eksperymentowano z różnymi konfiguracjami, ostatecznie umieszczono podłużny trójkątny statecznik z prostokątnym, niewyważonym sterem kierunku przymocowanym do krawędzi spływu.
Historia eksploatacji Samolot był pierwszy raz pilotowany przez Blériota 21 maja, a w ciągu następnych tygodni odbył wiele długich lotów i 12 czerwca 1909 r. prototyp Blériota XII stał się pierwszym samolotem, który wzbił się w powietrze z trzema osobami na pokładzie. Jednym z pasażerów był Alberto Santos-Dumont. Na Grande Semaine d’Aviation nad Reims między 22 a 29 sierpnia Blériot latał dwoma modelami XII, z czego jeden był prototypem (pierwszy napędzany silnikiem E.N.V. model F o mocy 60 KM (45 kW), a drugi – 40 KM (30 kW) firmy Anzani). 28 sierpnia, lecąc samolotem z silnikiem E.N.V., zdobył drugie miejsce w wyścigu o Puchar Gordona Benetta, przegrywając z Glennem Curtissem o 6 sekund. Później tego samego dnia zdobył nagrodę za najlepsze okrążenie 10 km z czasem 7 minut i 37,8 sekundy. Jego prędkość 77 km/h stała się nowym rekordem świata na tym dystansie. Następnego dnia podczas lotu na małej wysokości samolot przeciągnął, rozbił się i stanął w płomieniach.