Podobnie jak wielu innych więźniów zachorował w czasie epidemii tyfusu, zdołał jednak powrócić do zdrowia. Był jednym z członków założycieli konspiracyjnego Komitetu Organizacyjnego, który zawiązał się w Treblince na przełomie lutego i marca 1943 roku. Ze względu na swe doświadczenie wojskowe stał się nieformalnym ekspertem Komitetu do spraw militarnych.
W drugiej połowie marca 1943 roku wraz z innym działaczem Komitetu, Adolfem Friedmanem, został pozbawiony stanowiska brygadzisty i przeniesiony do „górnego obozu”, czyli strefy eksterminacji, w której znajdowały się komory gazowe i masowe groby. Oficjalnie była to kara za zaginięcie 73 pakunków z męskimi marynarkami, które przechowywano w podległym mu magazynie. Więźniowie byli jednak przekonani, że w rzeczywistości Niemcy obawiali się talentów przywódczych Blocha. Skierowanie do „górnego obozu” było w oczach więźniów równoznaczne z wyrokiem śmierci. Niemniej Bloch i Friedman nie tylko przetrwali pobyt w obszarze zagłady, lecz wkrótce awansowali do funkcji vorarbaiterów (według niektórych źródeł Bloch miał nawet zostać kapo). Mimo niesprzyjających warunków przystąpili także do organizowania ruchu oporu i przygotowywania – w porozumieniu z kolegami z „dolnego obozu” – planów zbrojnego buntu.