W 1584 r. podzielił z braćmi dziedzictwo po ojcu i otrzymał w zarząd część margrabstwa Badenii-Durlach z Hachbergiem. Swoją siedzibą uczynił Emmendingen, gdzie rozbudował książęcą rezydencję. W tym samym roku zmienił front (być może pod wpływem gróźb cesarskich) i w kolejnych latach walczył po stronie katolickiej pod komendą Aleksandra Farnese przeciwko arcybiskupowi Gebhardowi. Brał też udział w zbrojnej interwencji wojsk katolickich w Lotaryngii. Znaczny wpływ na księcia zdobył jego doradca, Johann Pistorius, który w 1588 r. przeszedł z wiary kalwińskiej na katolicką. Jakub zorganizował kilka dysput religijnych, po których, 25 lipca 1590 r., dokonał konwersji z luteranizmu na wiarę katolicką. Zamierzał zaprowadzić katolicyzm jako religię panującą w swym księstwie, ale trzy tygodnie później zmarł. Dziedzictwo po nim przejął jego starszy brat Ernest Fryderyk, który przywrócił protestantyzm w księstwie.
Konwersja Jakuba była pierwszą zmianą wiary protestanckiej na katolicką pośród książąt Rzeszy i z tego powodu odbiła się szerokim echem wśród współczesnych. Duży rozgłos zdobyła spisana przez Johanna Pistoriusa książka opisująca motywy zmiany wiary przez Jakuba.