Prace nad grą rozpoczęły się w 2013 roku, po premierze Assassin’s Creed IV: Black Flag. Ubisoft Montréal pracował nad grą przez cztery lata przy wsparciu blisko siedmiuset osób z innych studiów Ubisoftu na całym świecie. W celu zapewnienia, że przedstawiony w grze świat jest autentyczny, ściśle współpracowano z egiptologami i historykami. W odpowiedzi na często pojawiające się zarzuty związane ze skostniałą i bliźniaczo podobną rozgrywką w każdej kolejnej części, na potrzeby Origins zespół postanowił zmienić formułę Assassin’s Creed. Podczas gdy poprzednie odsłony były przede wszystkim skradankami akcji, w Origins wprowadzono wiele elementów typowych dla gier fabularnych oraz ulepszono system walki. Począwszy od Assassin’s Creed II z 2009, każda kolejna część ukazywała się co roku, jednak w przypadku dziesiątej części twórcom pozwolono na dodatkowy rok pracy, żeby mogli doszlifować grę. Sytuacja taka w dużej mierze spowodowana była niezadowalającą sprzedażą Syndicate oraz premierowym fiaskiem Unity z 2014 roku, które w momencie premiery obciążone było ogromną liczbą błędów technicznych.