31 sierpnia 2023 premier Mateusz Morawiecki odwołał go z funkcji wiceministra spraw zagranicznych. Nie wystartował w wyborach parlamentarnych z 15 października tego samego roku. Według oficjalnego oświadczenia powodem odwołania go z funkcji wiceministra był „brak satysfakcjonującej współpracy”. Według informacji medialnych odwołanie miało być związane z tzw. aferą wizową, w której miało dochodzić do korupcji podczas przyznawania wiz do Polski.
W nocy z 14 na 15 września 2023 Piotr Wawrzyk trafił do szpitala po usiłowaniu popełnienia samobójstwa przez podcięcie sobie żył nadgarstków. Przed próbą samobójczą napisał w liście pożegnalnym, że „nie zrobił nic złego, chciał pomagać ludziom bez względu na barwy polityczne i zapłacił za to najwyższą cenę”, a także że „nie jest łapówkarzem”.
W styczniu 2024 został zatrzymany przez funkcjonariuszy CBA, przedstawiono mu zarzuty przekroczenia uprawnień w celu osiągnięcia korzyści majątkowej przez inną osobę oraz udostępnienia informacji osobie nieuprawnionej (w ramach śledztwa dotyczącego płatnej protekcji w związku z przyspieszaniem procedur wizowych). Piotr Wawrzyk nie przyznał się do popełnienia zarzucanych mu czynów. Został objęty aktem oskarżenia w sprawie tzw.