Został zamordowany między 9 a 11 kwietnia 1940 w Katyniu przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Ofiary tej zbrodni grzebano w bezimiennych mogiłach zbiorowych, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne. W 1943 zidentyfikowano go podczas ekshumacji nadzorowanych przez Niemców, pod numerem 3475 – opisany jako „Major Szydlowski Miroslaw" (raport dzienny z 28 maja 1943). Przy jego szczątkach znaleziono: książkę ofic., legitymację i Krzyż Virtuti Militari, wizytówkę, pozwolenie na broń, świadectwo szczepień w Kozielsku, odcinek zameldowania m. W-wy oraz notesik. Figuruje na liście Komisji Technicznej PCK pod numerem 03475. W Archiwum Robla wymieniony jako oficer w pamiętniku znalezionym przy szczątkach Feliksa Gadomskiego (pakiet 0747-07).