mimo odległości dzielącej oba miasta pełnił w nich obowiązki równocześnie. W 1985 roku powierzono mu stanowisko zastępcy prokuratora Trybunału Rewolucyjnego w Teheranie. Był jednym z odpowiedzialnych za masowe egzekucje więźniów politycznych w Iranie w 1988 roku. W trakcie zasiadania w tajnych trybunałach, znanych jako „Komisje śmierci”, osobiście prowadził procesy więźniów politycznych odsiadujących już wyroki i skazywał ich na śmierć.
Po śmierci Najwyższego Przywódcy Iranu Ruhollaha Chomejniego został prokuratorem generalnym w Teheranie, natomiast w 1994 roku powierzono mu kierowanie antykorupcyjną Organizacją Inspektoratu Państwowego. W 2014 roku został irańskim prokuratorem generalnym, natomiast w 2016 roku Najwyższy Przywódca Iranu Ali Chamenei mianował go przewodniczącym fundacji religijnej Astan Ghods Razawi i strażnikiem Sanktuarium imama Rezy w Meszhedzie. W tym samym roku Ra’isi został członkiem Zgromadzenia Ekspertów. Od 2021 roku Ra’isi łączył te funkcje ze stanowiskiem prokuratora Specjalnego Sądu Duchownego, zajmującego się sądzeniem szyickich duchownych.