Terytorium Prus Dolnych obejmuje miasta: Królewiec, Pokarmin, Balga, Święta Siekierka, Krzyżbork, Cynty, Welawa, Alembork, Tapiewo, Iława Pruska, Górowo Iławeckie, Frydląd, Gierdawy, Bartoszyce, Sępopol, Korsze, Wystruć, Węgorzewo, Barciany i Kętrzyn.
Historia thumb|250px|Podział administracyjny państwa krzyżackiego: niebieski – komturie zakonne, różowe – posiadłości biskupów. We wczesnym etapie podboju Prus przez zakon krzyżacki zajmowane przez niego ziemie były rozdzielone dominium warmińskim należącym do biskupów warmińskich. Część położoną na południe i zachód od Warmii określano jako Prusy Górne (Oberland) i obejmowała ona komturie elbląską, dzierzgońską i ostródzką. Natomiast obszar na wschód i północ od Warmii stanowiły Prusy Dolne (Niederland).