W 1602, decyzją Henryka IV, twierdza została rozbudowana pod kierunkiem królewskiego architekta, Raymonda de Bonnefonsa. W wyniku prac, zakończonych w 1607, powstał istniejący do dziś sześciokątny donżon z trzema okrągłymi basztami, z dostępem przez most zwodzony, otoczony fosą z przeciwskarpą. W czasie wojny trzydziestoletniej, 15 czerwca 1637, dzięki fortecznej artylerii użytej przez mieszkańców do obrony miasta, Saint-Tropez wytrzymało atak 21 hiszpańskich galer. Zdobyte przy tej okazji cztery hiszpańskie działa umieszczone zostały na tarasie cytadeli.
Cytadela ponownie odegrała rolę w czasie tzw. Frondy, buntu przeciwko wpływom kardynała Mazarinego. W lipcu 1652 została zdobyta przez frondystę, Louisa-Emmanuela d’Angoulême’a. W sierpniu 1652 odbiły ją jednak przez siły królewskie Ludwika XIV. Po 1674 służyła również jako ośrodek dla inwalidów wojennych, w ramach stworzonego przez Ludwika XIV systemu opieki nad weteranami, w skład którego wchodził także paryski kompleks Les Invalides.