W 1892 roku departament wydzielono i powołano do życia samodzielne Muzeum Narodowe, którego utworzenie zostało uprawomocnione edyktem księcia Ferdynanda.
Zbiory przyrodnicze przekazano uniwersytetowi, a trzy kolekcje – starożytności, numizmatyczna i etnograficzna – zapoczątkowały zbiory Muzeum Narodowego. Pierwszym dyrektorem placówki został czeski archeolog Václav Dobruský (1858–1916). W 1888 i 1890 roku ustanowiono prawa regulujące prace archeologiczne na terenie Bułgarii oraz wywóz i zbiory artefaktów. Przyczyniło się to powiększenia zbiorów Muzeum Narodowego, które miało wiodącą rolę w pracach wykopaliskowych i ocenie znalezisk. Na początku XX w. Dobruský prowadził prace wykopaliskowe na terenie dwóch rzymskich miast – Nicopolis ad Istrum i Oescus oraz na terenie sanktuarium trackiego w regionie Lukowitu. Jednym z głównych zadań muzeum było sporządzenie mapy wszystkich stanowiska archeologicznych w Bułgarii.