W październiku 1940 roku został szefem sztabu Brygady Okrętów Podwodnych Floty Północnej i zajmował to stanowisko do czasu ataku Niemiec na ZSRR. W dniu 15 lipca 1941 roku został dowódcą okrętu podwodnego „K–1”, którym dowodził do 20 marca 1943 roku. W tym czasie brał udział w 13 rejsach bojowych, tylko raz wykonał atak torpedowy, natomiast za każdym razem wykonywał minowanie niemieckich szlaków morskich.
Następnie został naczelnikiem 1 oddziału i jednocześnie zastępcą naczelnika wydziału podwodnego pływania Floty Północnej, pełniąc tę funkcję do 6 marca 1944 roku, kiedy został dowódcą 1 dywizjonu okrętów podwodnych, to stanowisko zajmował do końca II wojny światowejArkusz przebiegu służby M. Awgustinowicza za okres od 1 sierpnia 1930 do 5 września 1945.
Po zakończeniu wojny pełnił funkcję dowódcy dywizjonu, w okresie od marca do grudnia 1946 roku dowodził grupą okrętów, które były z Floty Bałtyckiej przebazowywane do Floty Północnej.