W drugiej połowie 1927 roku przystąpiono do gruntownej reorganizacji Straży Celnej. W praktyce skutkowało to rozwiązaniem tej formacji granicznej. Rozporządzeniem Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Ignacego Mościckiego z 22 marca 1928 roku w jej miejsce powoływano z dniem 2 kwietnia 1928 roku Straż Graniczną. Rozkazem nr 5 z 16 maja 1928 roku w sprawie organizacji Małopolskiego Inspektoratu Okręgowego dowódca Straży Granicznej gen. bryg. Stefan Pasławski powołał komisariat Straży Granicznej „Muszyna”, który przejął ochronę granicy od rozwiązywanego komisariatu Straży Celnej.
Służba graniczna Sąsiednie komisariaty komisariat Straży Celnej „Piwniczna” ⇔ komisariat Straży Celnej „Tylicz” − 1926
Funkcjonariusze komisariatu Obsada personalna w 1926: kierownik komisariatu – komisarz Władysław Ochoński pomocnik kierownika komisariatu – starszy przodownik Wojciech Latuszek (16)
Struktura organizacyjna Organizacja komisariatu w 1926 roku: komenda – Muszyna placówka Straży Celnej „Dubne” placówka Straży Celnej „Leluchów” placówka Straży Celnej „Folwark” placówka Straży Celnej „Muszyna Dworzec” placówka Straży Celnej „Muszyna” placówka Straży Celnej