Do drugiego koszyka trafili zwycięzcy Copa Sudamericana 2016, natomiast w ostatnim koszyku umieszczono cztery najniżej sklasyfikowane ekipy plus miejsca dla czterech drużyn, które wygrały swoje dwumecze w decydującej fazie kwalifikacji.
Kolory w tabeliZwycięzca Copa Libertadores 2016Zwycięzca Copa Sudamericana 2016Zespoły zakwalifikowane do udziału w fazie grupowej poprzez awans z kwalifikacji Koszyk 1 Drużyna () Atlético Nacional (3) River Plate (2) Club Nacional (4) CA Peñarol (5) Atlético Mineiro (9) Grêmio Porto Alegre (12) San Lorenzo (14) Santos FC (15)Koszyk 2 Drużyna () Chapecoense (—) Estudiantes (17) CS Emelec (18) Club Libertad (21) Santa Fe (22) SE Palmeiras (25) Universidad Católica (30) Guaraní (34)Koszyk 3 Drużyna () Sporting Cristal (35) CR Flamengo (37) Barcelona SC (39) CA Lanús (42) Zamora (66) Jorge Wilstermann (75) Independiente Medellín (77) Godoy Cruz (88)Koszyk 4 Drużyna () Melgar (104) Deportes Iquique (115) Sport Boys (162) Zulia (—) Athletico Paranaense (71)W czasie losowania oznaczony jako zwycięzca meczu G1 w III rundy kwalifikacyjnej. Botafogo FR (79)W czasie losowania oznaczony jako zwycięzca meczu G2 w III rundy kwalifikacyjnej. The Strongest (28)W czasie losowania oznaczony jako zwycięzca meczu G3 w III rundy kwalifikacyjnej.